高通量基因测序结果评价要求

高通量基因测序结果评价要求

国家标准 GB/T35537一2017 高通量基因测序结果评价要求 Requiremmentsofthehigh-throughputgenesequeneingresultevaluation 2017-12-29发布 2018-07-01实施 国家质量监督检验检疫总局 发布 国家标准化管理委员会国家标准
GB/35537一2017 高通量基因测序结果评价要求 范围 本标准规定了高通量基因测序结果评价要求涉及的术语和定义、高通量基因测序结果评价的评价 指标和判定依据 本标准适用于非单分子测序的基于DNA序列研究的连接酶法测序和聚合酶法测序的结果评价 规范性引用文件 下列文件对于本文件的应用是必不可少的 凡是注日期的引用文件,仅注日期的版本适用于本文 件 凡是不注日期的引用文件,其最新版本(包括所有的修改单)适用于本文件 GB/T30989高通量基因测序技术规程 术语和定义及缩略语 3.1术语和定义 GB/T30989界定的以及下列术语和定义适用于本文件 3.1.1 高通量基因测序结果high-throughputgenesequeecingresult 测序仪器所产生的数据结果,又称为测序结果 3.1.2 测序平均长度averagereadlengthofsequeneing 测序仪器单次测序能达到的平均读长 注:通常以碱基数表示 3.1.3 测序通量sequeeimgthroughput 测序仪器单次测序可获得的序列数量 注通常以序列数(Reads)表示 3.1.4 碱基测序准确率sequeneingaeeuraey 对已知序列的参考品进行测序,经过碱基识别后比对到已知序列上,统计比对正确的碱基数占测序 获得的总碱基数比例 3.1.5 聚合酶法测序sequeneingysynthesis 基于碱基互补原理,在聚合酶参与下的基因测序方法 3.1.6 连接酶法测序sequenecingbyligationm 基于碱基互补原理,在连接酶参与下的基因测序方法
GB/T35537一2017 3.2缩略语 下列缩略语适用于本文件 DNA -脱氧核糖核酸(deoxyribonueleicacid PCR -聚合酶链式反应(polymerasechainreaction) 高通量基因测序结果评价指标 4.1评价指标与分类 经过高通量测序过程中参数指标统计分析,按照测序方法的不同,对高通量基因测序结果评价分为 连接酶法测序评价和聚合酶法测序评价,选择测序通量、碱基测序准确率、测序平均长度这三个能够反 映单次测序结果进行评价 4.2连接酶法测序结果评价要求 连接酶法测序结果评价如表1所示 表1连接酶法测序结果评价要求 评价指标 要求 测序通量 >500MReads 碱基测序准确率 >99.0% 测序平均长度 50bp 4.3聚合酶法测序结果评价要求 聚合酶法测序结果评价如表2所示 表2聚合酶法测序结果评价要求 评价指标 要求 3MReads 测序通量 >99.0% 碱基测序准确率 测序平均长度 >35bp 5 评价指标检测方法 5.1测序通量 按照各测序仪器厂商提供的测序样品制备流程和测序操作进行待测序样品处理、质控和测序,待测 序反应完成后,测序仪使用测序信号收集器(根据标记信号的不同选用相应不同的收集器,如图像信号 收集器中的高精度CMOS,电信号收集器中的半导体传感器,光谱信号搜集器中的光谱成像仪等) 对 测序信号完成搜集 再通过信号分析软件,对采集得到的信号进行分析,将信号图转变为核苷酸序列信 息 通常以序列数表示 单末端或双末端测序产生的一条序列信息,计为一条序列数
GB/35537一2017 5.2碱基测序准确率 对已知序列的参考品进行测序,经过碱基识别后比对到已知序列上,统计比对正确的碱基数占测序 获得的总碱基数比例,通常以百分数表示 5.3测序平均长度 根据测序通量所得到的序列数,统计所有序列数的碱基长度,计算序列数总长度 测序平均长度等于序列数总长度与序列数总数的比值 结果评价程序 测序仪输出序列信息后,统计测序通量和测序平均长度,并对测序过程中加人的测序参考品进行分 析,将测序参考品得到的原始序列比对到参考品的标准基因组序列,统计基于碱基(base)测序准确率 测序数据处理标准流程如图1所示,处理完成后输出碱基测序准确率指标 测序参考品的测序过程,参 见附录A 测序信号识别、记录与收集 原始测序信号转换碱基序列信息并输出数据文件 对数据文件进行统计分析，获取测序通量和测序平均长度的统计结果 原始减基序列数据与标准基因组序列比对 输出碱基测序准确率 图1高通量基因测序仪测序数据处理流程图
GB/T35537一2017 附 录 A 资料性附录) 测序参考品测序过程 A.1测序参考品的选择 测序参考品的选择通则;宜采用来源稳定、溯源信息完备和参考序列信息已知的核酸样本,样例如 表A.1所示 表A.1国家药品标准物质参考品样例 品种编号 品种名称 成分序号 成分名称 来源 正常男性外周血白细胞构建永生细 人全基因组DNA 测序仪性能 胞系 评价用脱氧 大肠杆菌基因组DNA DH5a感受态培养细胞 360007 核糖核酸国 高(Gc含量细菌基因组DNA 人肠道中分离筛选鉴定后培养厌氧菌 家参考品 11型HPV基因组DNA 11型HPV病毒重组质粒 A.2参考品测序流程 A.2.1基本流程图 按照各测序仪器厂商提供的测序样品制备流程和测序操作进行测序参考品样品处理、质控和测序 基本的流程见图A.1 测序样品处理 待测序基因文库质控 测序 图A.1高通量基因测序基本流程图 A.2.2测序样品处理 A.2.2.1核酸提取 对待测序的生物样本进行核酸提取,并对提取的核酸进行质控检测 A.2.2.2DNA样品打断 对预处理好的DNA样品,采用物理或者腾切的方法将待测序的核酸DNA打断到1kb以内的 DNA片段大小 A.2.2.3接头连接 将打断成1kb以内的DNA片段制备成两端连有接头(含有与扩增及测序引物互补的序列),中间
GB/35537一2017 有短序列标签结构的文库或者标签文库 A.2.2.4文库扩增 将接头连接后的文库进行扩增放大得到待测序文库或者标签文库 A.2.3待测序基因文库质量控制 将待测序文库或者标签文库进行质量控制检测 宜按照SN/T2497.21方法或者Q-PCR方法进 行文库质控,建库过程中宜设置阴性对照与阳性对照 A.2.4测序 按照测序仪厂商提供的标准测序流程进行测序操作
GB/T35537一2017 考文献 参 [[1]SN/T2497.21进出口危险化学品安全试验方法第21部分;琼脂糖凝胶电泳试验

高通量基因测序结果评价要求GB/T35537-2017

高通量基因测序技术是一种快速、高效、精准的生物信息学方法，已广泛应用于基因组学、转录组学、表观组学等多个领域。但是，在测序结果分析中存在着数据质量差异、信息丢失、误差叠加等问题，因此，在高通量基因测序结果评价方面的标准化建设显得尤为重要。GB/T35537-2017标准的出台填补了这一领域的空白，为高通量基因测序结果评价提供了科学的方法和指导。

GB/T35537-2017标准的主要内容

GB/T35537-2017标准主要包括以下五个方面：

• 测序数据质量评估；
• 测序数据处理；
• 序列比对及变异分析；
• 数据可视化呈现；
• 测序结果质量评价。

其中，测序数据质量评估包括测序质量控制、测序错误率、GC偏差等指标的评估，其目的是保证测序数据的准确性和可靠性。测序数据处理包括对原始测序数据进行去除低质量序列、去重、过滤接头等处理，以提高数据的有效性和利用率。序列比对及变异分析则是对测序结果进行精细化分析和挖掘，以寻找潜在的遗传变异信息。数据可视化呈现和测序结果质量评价则是将多样化的测序结果整合和展示，为研究提供科学依据。

GB/T35537-2017标准的意义

通过GB/T35537-2017标准的制定和实施，可以使高通量基因测序结果评价具有更高的规范性和可比性，从而提高测序结果的可信度和应用效果。同时，该标准的出台也推动了高通量基因测序技术的不断发展和应用，为相关领域的研究和应用提供了更好的支持和保障。

结语

GB/T35537-2017标准的制定和实施填补了高通量基因测序结果评价方面的空白，为该领域提供了科学的方法和指导。同时，该标准的出台也将推动高通量基因测序技术的不断发展和应用，为相关领域的研究和应用带来更多的机遇和挑战。

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